Cahier de labo, document computationnel, article reproductible. Emacs/Org-mode: One ring to rule them all? Arnaud Legrand

Cahier de labo, document computationnel, article reproductible. Emacs/Org-mode: One ring to rule them all?

 Arnaud legrand, chercheur au Laboratoire d’Informatique de Grenoble dans l’équipe POLARIS

Les notebooks Jupyter ou Mathematica, l’IDE Rstudio et son format RMarkdown, Emacs/Org-mode, ou leurs nombreuses déclinaisons sont devenus extrêmement populaires ces 10 dernières années. Ces outils qui permettent de mêler efficacement explications, code, et résultats des calculs, transforment les pratiques pour le meilleur et pour le pire. Pour le meilleur car ils permettent de présenter les différentes étapes d’un calcul bien plus clairement que ne le fait un simple commentaire. Leur facilité d’utilisation rend également la tâche de prototypage et de documentation plus fluide et permet ainsi d’améliorer la reproductibilité de la recherche. Pour le pire car ces outils sont loin d’offrir les capacités d’un véritable IDE et favorisent le développement de code “kleenex”. Leur simplicité d’utilisation donne également l’illusion de la reproductibilité alors que plusieurs aspects essentiels ne sont absolument pas couverts. Enfin, ils montrent vite leurs limites lorsque les calculs et les données deviennent plus complexe et la transition vers d’autres outils n’est pas simple. Dans cet exposé, j’essaierai de présenter rapidement les usages que j’identifie, les outils existants, leur capacités à répondre à tel ou tel usage en me basant sur ma propre expérience, puis je ferai une petite démonstration de mon utilisation d’Emacs/org-mode au quotidien.

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